MSK vykonává zřizovatelské funkce vůči 229 příspěvk. organizacím (k 1. 1. 2014 se počet mění na 226) v oblasti školství, soc. věcí, zdravotnictví, kultury a dopravy. V závislosti na typu a velikosti představuje každá taková organizace specifické prostředí s odlišným vnímáním správně nastaveného vnitřního řídicího a kontrolního systému, který však nemusí být vždy nastaven přiměřeně, účinně a efektivně. Nedostatky či neefektivita nastavení je v těchto případech zpravidla konstatována až následně na základě výsledků kontroly. Účelem hodnocení fungování a efektivnosti vnitřního řídicího a kontrol. systému je stanovení cílů na systém v závislosti na povaze, složitosti a rizicích v konkrétním prostředí.

V rámci výkonu zřizovatelských funkcí je KÚ mimo jiné prováděna kontrolní činnost krajem zřízených příspěvk. organizací. Tuto kontrolní činnost provádějí jak odvětvové odbory, tak odbor kontroly a interního auditu, který v rámci následných veřejnosprávních kontrol ověřuje zejména přiměřenost a účinnost nastavení vnitřního kontrol. systému v těchto organizacích. Systém řízení a kontroly při nakládání s veř. prostředky a při správě těchto prostředků tvoří administrativní a finanční kontrolní mechanismy zavedené a provozované v odpovědnosti managementu. Obsahuje kritéria hospodárnosti, efektivnosti a účelnosti administrativního rozhodování při přijímání cílů a jejich vlastní realizaci v procesu zajišťování veřejné správy.

Jednou z priorit MSK je funkční a efektivní výkon zřizovatelských funkcí. Důvodem realizace projektu je potřeba zkvalitnění nastavených řídicích a kontrol. systémů a snížení rizika nesprávného nakládání s veř. prostředky příspěvk. organizacemi kraje. Současně s tím dojde k zavedení prvků vnitřního řídicího a kontrol. systému podle metodiky COSO (tzv. Modelu COSO ERM II. (COSO = Committee of Sponsoring Organizations of the Treadway Commission) definované v rámci koncepce PIFC (Public Internal Financial Control) Evropskou komisí jako standard finanč. řízení.