Hlavním důvodem realizace projektu je nekompletní popis vnitřních procesů při probíhajícím rozvoji TA ČR, plánovaný nárůst objemu spravovaných veřejných prostředků, počtu zaměstnanců, rozšiřování typu a forem programů a podpor a související zvyšování počtu agend, jež TA ČR bude zajišťovat. TA ČR je např. uvedena jako spolugestor i jako součást implementačních struktur u dvou připravovaných operačních programů. TA ČR již připravuje další programy na národní úrovni v oblasti podpory VaVaI. Proto je třeba připravit TA ČR na nově vznikající agendy, efektivně je začlenit do stávajících procesů a nastavit chod organizace, její řízení a vnější vazby tak, aby byly co nejefektivnější, hospodárné a transparentní. Tato adaptace musí proběhnout velmi rychle a bez kolizí s denními požadavky na chod kanceláře TA ČR.

Od roku 2012 TA ČR postupně přechází na procesní řízení organizace a postupně jsou mapovány všechny procesy v organizaci. Nejedná se však o komplexní a systémový přístup vzhledem k postupně rozšiřovaným agendám organizace. Současně je vytvářena vnitřní dokumentace a směrnice k nejrizikovějším oblastem (např. příprava a realizace programů ve VaVaI, veřejných soutěží ve VaVaI, apod.). TA ČR má dosud popsáno 19 z 50 procesů vrcholové procesní mapy. Cílem projektu je popsat všechny a zaimplementovat do vnitřních předpisů, do kterých budou vstupem i metodiky vzniklé v projektu. Vzhledem k rozšiřujícím se agendám a nárokům na denní chod organizace je však nastavení a nasazení lidských zdrojů pro zásadnější systémové změny nedostatečné. 

Některé další oblasti, které jsou obsahem projektu (projektové řízení, řízení/rozvoj LZ apod.), nebyly dosud v rámci TA ČR ve větším rozsahu řešeny. Rovněž nastavení strategického řízení včetně vytvoření nové strategie a vizí do budoucna je vzhledem k růstu agend organizace a rozšiřujícímu se zaměření nezbytné. Významné je pak i vytvoření nové komunikační strategie a nastavení systému rozvoje a řízení lidských zdrojů.